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Le gouvernement et l’opposition sont en désaccord quant à la succession de Nkurunziza. Alors que l’exécutif planche sur une investiture anticipée de Ndayishimiye, l'opposition exige, en s'appuyant sur la Constitution du Burundi, que le président de l'Assemblée nationale, Pascal Nyabenda, assure l'intérim et convoque un nouveau scrutin. Le 12 juin, la Cour constitutionnelle du Burundi estime qu'une période d'intérim n'est pas nécessaire, et ordonne d'investir « le plus rapidement possible » Évariste Ndayishimiye. Il s'agit dans les faits d'une décision prise par un comité de crise composé de généraux et de membres du parti au pouvoir.